Det er nå mulig å annotere/kommentere direkte i PDF-dokumenter i Orgbrain. Dette kan enten være privat kommentarer eller offentlig kommentarer som er synlig for andre brukere i organisasjonen. Ved å legge inn offentlige kommentarer i et PDF-dokument vil andre brukere få mulighet til å svare på kommentarene.
Private kommentarer kan være spesielt nyttige i forbindelse med dokumentasjon som er sendt ut i forkant av styremøter, mens offentlige kommentarer gjør det enklere å gi presise tilbakemeldinger på protokoller på høring.
Det er tre varianter av annoteringer i Orgbrain, henholdsvis tekstmarkering, strektegning og notat.